En julio del año 985 se produce el saqueo de Al-Mansur en el Condado de Barcelona. Una parte de la comunidad monástica, alertada, busca refugio en la ciudad. Aun así, el abad Joan y algunos de los monjes mueren y el Monasterio es saqueado. Se desconoce el alcance real de la destrucción de los edificios monásticos, pero hay datos relativos sobre la quema del archivo y la pérdida de los documentos que prueban las propiedades monásticas.
Uno de los monjes supervivientes, Odó, asume el abadiato y la tarea de hacer remontar de nuevo el Monasterio. Y en esta tarea sobresale, dado que lo sitúa en el centro preeminente de la organización territorial y de poder del Condado de Barcelona. Proveniente de una familia noble, Odó forma parte de la curia de los condes de Barcelona y es uno de los hombres de su máxima confianza. Este vínculo con la nobleza y el poder político será una constante en el Monasterio y el puntal, para así afianzar sus dominios.
Odó viaja con el conde Borrell a la corte del rey Lotario (Compiègne, Francia) en 986 y obtiene un precepto de confirmación de las propiedades y de la inmunidad que garantiza la independencia de la abadía hacia la autoridad condal y episcopal. En 1002 viaja con Ramon Borrell a Roma, donde consigue del papa Silvestre II la nulla diocesis, una condición que libera a el Monasterio del obispado y lo vincula directamente a Roma en el ámbito eclesiástico, con lo cual se arrecia a la libre elección del abad. En 1007 obtiene de Juan XVIII una nueva bula en el mismo sentido.
Por otro lado, Odó despliega totalmente la política de configuración del suelo patrimonial del Monasterio iniciada por el abad Joan. Concentra la adquisición de propiedades en el entorno geográfico próximo (Sant Cugat, Cerdanyola, Ripollet y Reixac) y establece la base en que se fundamenta el poder económico de la abadía.
A la vez, inicia la renovación del conjunto monacal con la construcción de una nueva iglesia, un claustro y el campanario, bajo la dirección del maestro Fedanci. Este nuevo monasterio se ajusta ya a la disposición arquitectónica de los monasterios benedictinos, con las dependencias en el entorno de un patio cuadrado, el Claustro.
Su obra siempre es recordada y respetada en el Monasterio. A comienzos del siglo XIV, para preservar la memoria del abad, sus sucesores construyen una tumba monumental que hoy en día se puede visitar dentro de la iglesia del Monasterio.