I due nuclei sono situati l'uno sulla collina, Premezzo, l'altro, Cavaria, lungo la provinciale e l'autostrada Milano - Laghi.
Le prime notizie di Cavaria risalgono all'alto medioevo, grazie all'esistenza di un convento di suore Benedettine, dedicato ai SS. Quirico e Giulitta. Poichè la giurisdizione delle terre spettava alla monache, Cavaria e le terre circostanti non fu mai infeudata, neppure dopo la caduta di Castelseprio e il passaggio ai Visconti.
Il monastero venne soppresso nel 1568 da S. Carlo Borromeo dopo aver accertato come le suore (la maggior parte delle quali appartenevano a famiglie nobili, come Visconti, Besozzi, Bossi) vi conducessero vita dissoluta e le terre vendute al cardinal Gallio di Como.
La chiesa del monastero divenne la parrocchiale di Cavaria e nel 1813 venne edificata ex novo ad opera del parroco Don Giovanni Antonio Mazzucchelli e la direzione dei lavori affidata a Giuseppe Macchi, Capomastro di Caronno Ghiringhello (VA). 
Merita una visita l'oratorio di S. Rocco, edificato nel 1772 - 1773 dalla Confraternita del Santissimo Sacramento e intitolato inizialmente alla Beata Vergine Addolorata e a San Rocco. Sull'altare una pala raffigurante San Carlo Borromeo e San Rocco inginocchiati ai piedi della Vergine che regge il Cristo morto. Le pareti laterali sono spoglie. All'esterno, la facciata principale è caratterizzata da un portale in pietra rettangolare sormontato da una finestra, tra i due si colloca un tondo con affresco. Le altre pareti esterne sono prive di intonaco, in muratura mista di laterizi e ciottoli. In copertura, in prossimità della facciata si trova un piccolo campanile a vela con una campana.
Nel 1887 sorse in Cavaria la prima fabbrica di bilance, da cui la nomea di "capitale di pesi e misure" al piccolo borgo industriale.
La storia nota di Premezzo inizia nel 976 d.C., quando si parla per la prima volta di Premecio in una pergamena conservata nell'Archivio Capitolare di Novara. Premezzo rimase Comune autonomo sino al 1872, anno in cui fu aggregato al Comune di Orago e Uniti, che comprendeva anche Cavaria.
Nel 1892, distaccatosi Orago, il Comune divenne Cavaria e Uniti, denominazione impropria in quanto di unito vi era solo Premezzo.
Nel 1926, con la creazione della Provincia di Varese, l'anomalia fu corretta e il Comune assunse l'attuale denominazione di Cavaria con Premezzo.
La parrocchiale di S. Antonino, la cui esistenza è attestata nel 1566 dagli atti della visita di Padreo Leonetto Clivone, anche se all'epoca era annessa alla parrocchia di Caiello, oggi in comune di Gallarate.
L'interno è caratterizzato da un importante soffitto ligneo a cassettoni realizzato, nelle parti più antiche, tra la fine del '500 e l'inizio del '600 e poi integrato ai primi del '900. il soffitto si presenta interamente decorato e con raffigurazioni pittoriche. All'interno si trovano decorazioni novecentesche sulle pareti della navata e dell'abside nella quale domina l'altare maggiore in legno con colonnine tortili e statue di santi. Entrando in chiesa, a sinistra si trova la cappella della Annunciazione e dei Re Magi ove è presente un pregevole affresco cincquecentesco che raffigura i due episodi della dedicazione della cappella. All'estreno la chiesa presenta una facciata novecentesca, in forme classiche, in cemento decorativo al centro della quale si trova un mosaico raffigurante Sant Antonino.
Entro i confini comunali di Besnate, Cavaria con Premezzo e Jerago con Orago, si sviluppa per circa 2 kmq il Parco della Valle del Boia, facilmente percorribile sia a piedi che in mountain bike: un susseguirsi di prati, boschi, sorgenti e paludi, fontanili e stagni. 
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