Puedes hacer que ese compás de anacrusa del 2º sistema tenga la duración real que necesites pero sin embargo se vea el compás de la partitura.
Es decir, si tu quieres que la anacrusa sea de tres corcheas, puedes hacer que ese compás realmente sea de 3/8 aunque se muestre un 4/4.
Puedes hacerlo con la herramienta de selección, botón derecho sobre el compás de anacrusa del 2º sistema y "Time Signature / Edit Time Signature".
En la ventana que aparece activas en el lado derecho "More Options". Y en la ventana resultante tienes que poner en la parte de arriba el compás real y en la de abajo el que quieres que se vea.
En el circulo rojo de arriba es donde le tienes que indicar de que a que compás quieres que te haga la anacrusa y, el de abajo lo tienes que activar si quieres que se muestre un compás diferentes al real.
Saludos